Já está disponível o Expression Encoder 2 SDK para .net. Sou sincero, aos anos que esperava para ter as capacidades de encoding no Visual Studio. Já em 1999 quando desenvolvia o www.canais.com necessitava desta capacidade foi necessário chegar a 2008.

Segue exemplo para o encoding de um ficheiro de vídeo para wmv@256k:
public static void MyEncoder( string video_in,string output_dir )
{

MediaItem mediaItem = new MediaItem(video_in);
mediaItem.VideoProfile = VideoProfiles.Streaming256kDSL;

Job job = new Job();
job.MediaItems.Add(mediaItem);
job.OutputDirectory = output_dir;
job.EncodeProgress += new EventHandler(OnProgress);

job.CreateSubfolder = false;
job.Encode();

}

static void OnProgress(object sender, EncodeProgressEventArgs e)
{
Console.WriteLine(e.Progress);
}


Como podem ver, é bastante simples para começar a codificar.